Pemerintah daerah telah mengatur pembuangan limbah domestik dengan adanya kebijakan yang meregulasi pembuangan limbah domestik, yang dimuat pada Permen LH No. 68 tahun 2016 tentang Baku Mutu Air Limbah Domestik dan Peraturan Gubernur Kalimantan Selatan No. 04 tahun 2007 tentang Baku Mutu Limbah Cair (BMLC) bagi Kegiatan Industri, Hotel, Restoran, Rumah Sakit, Domestik dan Pertambangan, namun pembuangan air limbah domestik ke sungai terus berlangsung sehingga pencemaran lingkungan sungai terus terjadi.

Sungai Martapura mempunyai multifungsi yang sangat vital, terutama fungsinya sebagai sumber utama air baku PDAM Intan Banjar dalam memenuhi kebutuhan air minum manusia. Sungai Martapura merupakan sub-DAS dari DAS Barito yang merupakan bagian dari WS (Wilayah Sungai) Barito dengan daerah hulunya berada di waduk Riam Kanan.