Dengan diundangkannya UU No. 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah pada tanggal 15 oktober 2004, UU No.22 tahun 1999 dinyatakan tidak berlaku lagi. Dalam Pelaksanaannya, UU No.22 tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah telah banyak membawa kemajuan bagi daerah dan juga bagi peningkatan kesejahteraan masyarakat. Di sisi lain UU No.22 tahun 1999 dalam pelaksanaannya juga telah menimbulkan dampak negatif, antara lain tampilnya kepala daerah sebagai raja-raja kecil di daerah karena luasnya wewenang yang dimiliki, serta tidak jelasnya hubungan hierarkis dengan pemerintahan di atasnya.Di samping itu, dengan dimilikinya wewenang yang luas dalam pengelolaan kekayaan dan keuangan daerah, terbuka peluang untuk tumbuhnya KKN di daerah-daerah, baik di kalangan eksekutif maupun di kalangan legislatif. Hal negatif lain yang muncul adalah praktik money politik yang terjadi dalam pilkada atau LPJ dari kepala daerah, sengketa antardaerah, baik sengketa kewenangan maupun sengketa perbatasan.